Алель – це один з можливих станів гена або одна з його варіацій. Теоретично кількість алелей кожного гена несчисленна, але не всі вони пройшли еволюційний відбір.

У гомологічних хромосомах алельні гени розміщені в гомологічних локусах. Алельна пара генів може складатися з ідентичних (явище гомозиготності) або відмінних (явище гетерозиготності) алелів. У гетерозигот прояв одного алеля на рівні ознаки організму (фенотипу) може цілком пригнічувати прояви іншого алеля.  Сильніший алель називають домінантним, а пригнічений - рецесивним. У фенотипі присутня лише та ознака, яка відповідає домінантному алелю.

У більш складних випадках можна спостерігати інші типи алельних взаємодій, наприклад:

Неповне домінування, коли домінантний алель у гетерозиготному стані не повністю пригнічує дію рецесивного алеля.

Наддомінуванняание — більш сильний прояв ознаки в гетерозиготної особи, ніж у гомозиготної.

Кодомінування — прояв у гибридів нової ознаки, яка зумовлена взаємодією двох різних алелів одного гена.

Множинний алелізм — це існування в популяції більше ніж двох алелів даного гена. Виникає як наслідок різних мутацій одного локуса. Гени множинних алелів взаємодіють між собою усіляким чином.

Заміна будь-якого з нуклеотидів або інші мутації призводять до появи нових алелів. Лише в дуже рідкісних випадках будь-яка мутація настільки сильно впливає на роботу гена, а ген виявляється настільки важливим, що всі його мутації призводять до гибелі носіїв.

Летальними називаються алелі, носії яких гинутть через порушення розвитку або через захворювання, пов`язані з роботою цього гена.

Алелі, які не продукують білки або виробляють нефункціональні білки, називають нульовими (silent (null) allele).